《大鱼·海棠》取材自《庄子·逍遥游》讲述了一个属于中国人的奇幻故事。该片大体剧情是掌管海棠花生长的少女椿为报恩而努力复活人类男孩“鲲”的灵魂，在本是天神的湫帮助下与彼此纠缠的命运斗争的故事。大鱼代表自由，海棠代表思念，大鱼·海棠的剧情糅合了“山海经”和“海的女儿”。
在天空与人类世界的大海相连的海洋深处，生活着掌管着人类世界万物运行规律的“其他人”。居住在“神之围楼”里的女孩“椿”，十六岁生日那天变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。
为了报恩，她需要在自己的世界里帮助男孩的灵魂--一条拇指那么大的小鱼，成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海。历经种种困难与阻碍，男孩死后终于获得重生，但这一过程却不断地违背“神”的世界规律而引发种种灾难。
