2007年5月13日，陈晓旭因患乳腺癌在深圳去世，享年41岁。陈晓旭患上乳腺癌，发现时候已经是晚期，癌细胞已经转移到全身。
2006年10月，陈晓旭开始在长春的百国兴隆寺闭关修行。2007年3月，她转到深圳某封闭的道场继续修行。到4月末时，她已经起不了床了，整个人瘦得皮包骨头，只剩下70来斤。在陈晓旭重病期间，家人还在劝其就医，甚至把医生从北京请到了深圳。可是稍一转念的陈晓旭在看到医生后，又坚决拒绝就医，直到5月13日走完年仅42岁的一生。
2007年5月16日其亲属遵照陈晓旭遗愿，成立陈晓旭慈善基金会，始创基金为5000万元人民币，用于教育、医疗及其它慈善事业。
