《琅琊榜之风起长林》讲述的是战功显赫的长林王府身陷阴谋之中，在亲人离去和他人陷害中，逐渐成长的萧平旌解决大梁危机的故事。
大梁的朝局一直很安稳，可是边境的战火却一直不断，长林军一直在努力守护大梁的边境，多次立下战功。梁帝心疼年幼的太子，而荀皇后和她的哥哥荀白水担心长林王府盖过了他们的风头，所以就被潜入宫廷来大梁的夜秦人濮阳缨利用。
濮阳缨在大梁这段日子，一直陷害长林王萧庭生和他的孩子，不仅在一次战役中断掉了前线的粮食补给，导致萧平章身负重伤。
濮阳缨还在京城制造了大规模的疫情。在追查过程中，萧平章和萧平旌先后中毒，萧平章为了百姓，放弃了治疗，导致他在奔赴前线支援后毒发身亡。
萧平旌在兄长死掉之后，立即驻守边疆。大梁皇帝死后，萧庭生辅佐政事，荀白水扶植萧元启，让其掌握兵权，用来对抗萧庭生。
萧平旌在这些人的阴谋下，为了帮助百姓落下了一个抗旨的罪名，长林军也因为这个原因被撤。另一边，萧元启与东海国国主勾结，企图卖国。萧平旌为了国家安危，危急之中起兵，成功挫败萧元启的阴谋。
后来，萧平旌等到大梁安定后，再次隐居于世。
