黄药师是桃花岛的岛主，结局中对于黄药师也没有很明确的交代，不过很多人称黄药师在战争中已经死去了，因为黄药师年龄大了。
黄药师在《神雕侠侣》中已经100多岁，当时襄阳城正在被敌人攻破，郭靖也就是60岁左右，所以黄药师可能在这里已经战死。金庸对于黄药师的描写并不多，只记得在《神雕侠侣》中，黄药师对杨过说过这么一句话：“想我黄老邪，一生自认为邪的够绝了，不想孤独了一世，老了竟然还有人，有比我还狂。还要娶师父。为世所不容，这叫大逆不道啊。我黄老邪再怎么邪门，这些事一生都没干过。”
除此之外，在原著中描述道：“黄药师手脚冰凉，一代宗师飘然而去，他感叹了自己的一生，当年的五绝回想起来令人感慨不已，数十年如一日，这些事情从黄药师脑海中飘过，他面带微笑，脸色已经苍白。”黄药师一直发誓不离开桃花岛的，这座岛也是他最好的朋友，既然结局中黄药师不在了，所以死亡的可能性比较大，再加上“手脚冰凉，脸色苍白”这几句话，黄药师应该是离开了人世。
